行政协议纠纷应通过行政诉讼解决。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条第一款第十一项，人民法院受理公民、法人或者其他组织认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等协议提起的诉讼。最高人民法院关于适用《行政诉讼法》的解释也明确了行政协议的定义和诉讼规则。因此，如果行政机关在行政协议履行中违约（如擅自变更解除、不支付补偿款、不提供承诺条件等），您应当提起行政诉讼，而非民事诉讼。在行政诉讼中，法院不仅审查行政行为的合法性，也审理协议的履行情况，可以判决行政机关继续履行、采取补救措施或者赔偿损失。需要注意的是，起诉时效应适用行政诉讼法的规定（通常为知道权利受损之日起6个月）。建议在协议签订和履行过程中注意保留所有书面文件，作为诉讼证据。