是的，行政机关在作出行政许可决定时，原则上应当说明理由。根据《中华人民共和国行政许可法》第三十八条，申请人的申请符合法定条件、标准的，行政机关应当依法作出准予行政许可的书面决定，并予以公开。行政机关依法作出不予行政许可的书面决定的，应当说明理由，并告知申请人享有依法申请行政复议或者提起行政诉讼的权利。说明理由是行政程序正当原则的基本要求，有助于保障当事人的知情权和申辩权，也便于监督。如果行政机关在作出不予许可的决定时未说明理由，或者理由不充分、不成立，该行政行为属于程序违法。根据《行政诉讼法》第七十条，行政行为违反法定程序的，人民法院可以判决撤销或者部分撤销，并可以判决被告重新作出行政行为。因此，未依法说明理由的不予许可决定，可能被复议机关或法院认定为违法并予以撤销。