行政机关以“不符合现行规划”为由拒绝为历史形成的宅基地确权登记，需要具体分析其合理性。根据《不动产登记暂行条例》及自然资源部关于宅基地确权登记的相关政策，对于历史上形成的、符合当时政策的宅基地，应当本着“尊重历史、面对现实、依法依规”的原则进行处理。如果您的宅基地使用权来源合法（如经当时集体组织分配），房屋是合法建造的，仅仅因为村庄规划后来调整导致其现状与现行规划不符，这不能成为拒绝确权的绝对理由。行政机关应查明历史情况，区分不同情形处理。建议：1. 要求行政机关出具书面不予登记的决定及明确法律依据；2. 收集能证明宅基地历史来源和合法性的证据；3. 向上一级自然资源主管部门或同级政府申请行政复议，或向人民法院提起行政诉讼，请求判令行政机关履行登记职责。