在公司设立阶段和成立后，应以不同文件为准。1. **公司成立前**：公司尚未取得法人资格，发起人之间的关系主要由《发起人协议》调整，该协议本质上是民事合同，约束全体签署的发起人。若发生争议，应优先依据发起人协议。2. **公司成立后**：公司章程经工商登记，成为公司的“宪法”，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力（《公司法》第十一条）。此时，公司章程的效力高于发起人协议。如果两者就同一事项规定不一致，且涉及公司内部治理和对外关系，应以公司章程为准。发起人之间的内部纠纷，可以依据发起人协议追究违约责任。为避免冲突，建议在制定公司章程时，确保其内容与发起人协议的核心约定保持一致，或将发起人协议的关键内容纳入章程。