两者主要区别在于法律关系的成因和诉讼时效的起算点。1. **成因不同**：借条基础法律关系是借贷合同，证明借款事实。欠条基础法律关系则可能是买卖、承揽、劳务、损害赔偿等多种原因产生的欠款，是对过往经济往来的一种结算凭证。2. **诉讼时效起算点不同**：这是关键区别。对于注明了还款日期的借条，诉讼时效从还款日届满次日起算三年。未注明还款日期的借条，债权人可随时主张，诉讼时效从首次主张权利且对方拒绝时起算（需留证）。对于注明了还款日期的欠条，从还款日届满次日起算三年。对于未注明还款日期的欠条，诉讼时效从欠条出具之次日起算三年，因为出具欠条时权利人应当知道权利被侵害。因此，在出具凭证时，应根据具体情况选择使用，并尽可能明确还款期限。