企业认为环保局的责令停产整治决定事实认定错误，应积极采取法律行动维护自身权益，同时遵守决定以避免后果加重。步骤如下：1. 立即启动法律程序：在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或在6个月内提起行政诉讼，请求撤销或变更该决定。复议或诉讼期间，原则上不停止执行，但企业可以依据《行政诉讼法》第五十六条或《行政复议法》第三十四条，向复议机关或人民法院申请停止执行，需证明执行会造成难以弥补的损失且停止执行不损害公共利益。2. 全面收集证据：收集能证明排污达标的数据（如自行监测报告、第三方检测报告、生产记录、污染防治设施运行记录等），用以在复议或诉讼中反驳环保局认定的事实。3. 配合与沟通：在程序进行中，可与环保局沟通，提交证据材料，争取其自行撤销决定。4. 整改与报告：即使申诉，也应审视自身环保问题，如有不足立即整改，并可向环保局报告整改情况，这可能在后续处理中成为有利情节。切忌无视决定继续生产，否则可能面临按日计罚、查封扣押甚至停产关闭的更严厉处罚。