判断城管部门扣押经营工具的程序是否合法，主要看其是否遵守了《中华人民共和国行政强制法》的规定。合法的扣押程序通常包括：1. **主体合法**：执法人员在两人以上，并出示执法证件。2. **依据充分**：扣押必须基于法律、法规的明确授权，且当事人存在违法行为。3. **告知义务**：当场告知当事人采取行政强制措施的理由、依据以及当事人依法享有的权利（陈述申辩权、复议诉讼权）。4. **听取意见**：听取当事人的陈述和申辩。5. **制作文书**：制作并当场交付《查封/扣押决定书》和清单，载明扣押理由、依据、期限，财物名称、数量，当事人权利救济途径等。6. **期限合法**：扣押期限一般不得超过30日，情况复杂的经批准可延长，但延长期限不得超过30日。法律、行政法规另有规定的除外。7. **妥善保管**：对扣押财物负有妥善保管义务，不得使用或损毁。如果城管部门未遵守上述程序，例如未出示证件、未制作决定书、超期扣押等，则程序违法。当事人可以申请行政复议或提起行政诉讼，并要求赔偿因此造成的损失。