该调查取证程序不合法。根据《中华人民共和国行政处罚法》第四十二条，行政处罚应当由具有行政执法资格的执法人员实施。执法人员不得少于两人，法律另有规定的除外。执法时应当向当事人或者有关人员出示执法证件。这是行政调查程序的基本要求，旨在保证调查的客观公正、相互监督，并防止单人执法的随意性。若行政机关仅派出一名执法人员进行调查、检查、取证，该程序违反了法定程序。基于此程序违法所获取的证据，其合法性可能受到质疑。在后续的行政复议或行政诉讼中，您可以此为由，主张行政机关调查程序违法，请求复议机关或法院不采纳相关证据或撤销据此作出的行政行为。