行政机关在执法时，执法人员少于两人，属于程序违法，可能影响所取得证据的合法性。根据《中华人民共和国行政处罚法》第四十二条的规定，行政处罚应当由具有行政执法资格的执法人员实施。执法人员不得少于两人，法律另有规定的除外。执法时应当向当事人或者有关人员出示执法证件。该规定是保障执法公正、透明，防止独断专行的重要程序要求。如果执法人员少于两人进行调查取证，该取证行为本身违反法定程序。根据《行政诉讼法》关于证据合法性的要求，严重违反法定程序收集的证据材料不能作为认定案件事实的根据。因此，在行政诉讼中，法院可能对该证据的合法性不予认可，进而可能影响行政行为的合法性认定。当然，证据是否最终被排除，还需结合违法情节的严重程度、是否侵害重大权益、是否影响证据真实性等因素综合判断。