行政机关以材料不全为由“不予受理”是否合法，需视情况而定。根据《中华人民共和国行政许可法》第三十二条，行政机关对申请人提出的行政许可申请，应当根据不同情况分别处理：其中第（四）项规定：“申请材料不齐全或者不符合法定形式的，应当当场或者在五日内一次告知申请人需要补正的全部内容，逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理。” 因此，合法的程序应当是：1. 如果材料不全，行政机关应出具《补正材料通知书》，一次性告知需要补正的内容和期限，给您补正的机会。2. 只有在您逾期不补正，或者补正后仍不符合要求时，行政机关才能作出不予受理的决定。如果行政机关未履行“一次性告知”义务，直接作出“不予受理”决定，则该决定程序违法。您的应对措施是：首先，核查是否收到了书面的《补正材料通知书》。如果没有，您可以向该机关或其上级机关投诉其程序违法，要求其依法受理。如果对最终的不予受理决定不服，您可以依据《行政许可法》第七条和第三十八条，在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，请求撤销该决定并责令其受理您的申请。