对于仅有宅基地使用权证（集体土地建设用地使用证）而无房屋所有权证的房屋，在拆迁（征收）时，其合法性认定和补偿需综合判断。根据《中华人民共和国土地管理法》及其实施条例，以及《最高人民法院关于审理涉及农村集体土地行政案件若干问题的规定》，补偿权益的确定通常遵循：1.合法性认定：重点审查房屋建造时是否符合当时的土地利用总体规划、村庄规划，以及是否经过合法的审批手续。由于历史原因未办房产证的，不能一概认定为违建。2.补偿内容：农村宅基地上房屋拆迁补偿一般包括：（1）宅基地区位补偿价；（2）房屋重置成新价；（3）搬迁补助和临时安置费；（4）其他奖励。3.维权要点：收集好宅基地使用权证、建房审批文件（如有）、历史缴费凭证、村委会证明等证据。如果征收方以无房产证为由认定为违建且不予补偿或压低补偿，应积极通过行政复议或行政诉讼，主张房屋的合法历史形成事实，要求公平合理的补偿。