不合法，除非公司能提供充分证据并符合法定程序。根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。扣发工资属于克扣劳动报酬。如果公司主张因您过失造成损失要求赔偿，需承担举证责任，证明损失的存在、您的行为与损失之间有直接因果关系，且您存在故意或重大过失。即使成立，赔偿也应从您的工资中按月扣除，且每月扣除的部分不得超过您当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。建议您先协商，协商不成可申请劳动仲裁。