不合法，除非有合法依据且程序正当。根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止时一次性付清劳动者工资。扣发工资属于克扣劳动报酬。如果公司认为您的失误造成了实际经济损失，需要赔偿，这属于劳动争议中的损害赔偿问题，与支付工资是不同的法律关系。公司不能直接扣发工资来冲抵所谓的赔偿。正确的做法是：公司需举证证明损失的存在、您的行为与损失有直接因果关系、以及公司规章制度中有明确规定且该制度已向您公示。即使满足条件，每月扣除的部分也不得超过您当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。您可以申请劳动仲裁要求支付被扣工资。