仅以无房产证为由不予补偿或压低补偿，通常不合理。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十四条，市、县级政府在作出征收决定前，应当组织有关部门对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑的，不予补偿。因此，关键在于对无证房屋的“合法性认定”。对于因历史原因、制度原因等形成的无证房屋，不能简单等同于违法建筑。您需要积极配合调查，提供能证明房屋建造年代、背景、当时政策等证据（如历史航拍图、缴费凭证、邻居证明等），争取被认定为合法建筑或参照合法建筑给予适当补偿。如果行政机关未经调查认定就直接决定不予补偿，其决定可能因事实不清、程序违法而被撤销。