地理标志证明商标与普通商标的主要区别在于：1. **功能不同**：普通商标标示商品/服务来源（特定经营者），而地理标志证明商标标示商品来源于某地区，且该商品的特定质量、信誉或其他特征主要由该地区的自然或人文因素所决定。2. **申请人不同**：普通商标可由任何自然人、法人申请。地理标志证明商标的申请人必须是团体、协会或其他组织，且能够监督该地理标志商品的特有品质。3. **使用人不同**：普通商标仅供注册人及其许可人使用。地理标志证明商标则允许该地区内符合使用条件的所有生产者/经营者共同使用。
申请地理标志证明商标，除常规申请文件外，还需提交：1. 主体资格证明文件（证明申请人具有监督能力）；2. 地理标志所标示地区的省级以上主管部门出具的关于该地区范围的官方文件；3. 地理标志商品的特定质量、信誉或其他特征与该地区自然和人文因素关系的说明；4. 该地理标志产品客观存在及信誉情况的证明材料。