软件著作权的归属首先依据合同约定。若无约定，根据《著作权法》第十八条和《计算机软件保护条例》第十三条，分为两种情况：1. **职务作品**：员工为完成法人或非法人组织工作任务所创作的作品是职务作品，除特殊规定外，著作权由作者享有，但法人或非法人组织有权在其业务范围内优先使用。作品完成两年内，未经单位同意，作者不得许可第三人以与单位使用的相同方式使用该作品。2. **特殊职务作品**：主要是利用法人或非法人组织的物质技术条件创作，并由法人或非法人组织承担责任的工程设计图、产品设计图、地图、计算机软件等，作者享有署名权，著作权的其他权利由法人或非法人组织享有。

对于员工在业余时间开发的软件，关键在于是否属于“工作任务”或“主要利用单位物质技术条件”。如果该软件与员工的本职工作直接相关，或实质性地利用了单位的设备、资金、未公开的技术信息等，仍可能被认定为职务作品。建议公司在《劳动合同》或专门的协议中明确约定知识产权归属，并建立完善的研发记录和保密制度，以避免潜在纠纷。