处理公司章程与《公司法》关系的基本原则是：**《公司法》中的强制性规范必须遵守，任意性规范可以由公司章程另行约定**。具体而言：1. **以《公司法》为准**：当公司章程条款违反《公司法》的强制性规定（如关于股东会特别决议比例、董事高管忠实勤勉义务、财务制度等）时，该条款无效，以《公司法》规定为准。2. **以公司章程为准**：《公司法》中大量存在“公司章程另有规定的除外”、“由公司章程规定”等表述，这些属于任意性规范，允许公司自治。公司章程可以自由约定的事项主要包括：（1）股东会、董事会的议事方式和表决程序（法律有最低要求的除外）；（2）董事长、副董事长的产生办法；（3）股权转让的具体规则（有限公司）；（4）股东分红比例、认缴新增资本比例（可与出资比例不同）；（5）公司法定代表人的人选范围；（6）经理的职权等。制定章程时应充分利用自治空间，设计适合公司特点的治理规则，但需确保不违反法律强制性规定和公序良俗。