公司不能简单地以“未提前30天通知”为由扣发员工全部工资，这违反《劳动合同法》关于及时足额支付劳动报酬的规定。合法操作应区分不同情况：1. **员工违法解除的后果**：根据《劳动合同法》第九十条，劳动者违反本法规定解除劳动合同，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。员工未提前30天通知（试用期未提前3天）即离职，属于违法解除劳动合同。2. **公司可主张的权利**：公司有权要求员工赔偿因此造成的**直接经济损失**。例如，因其突然离职导致项目停滞产生的额外外包费用、紧急招聘产生的猎头费、或因其未办理工作交接导致公司对外支付的违约金等。公司需要对这些损失承担举证责任。3. **工资结算**：员工已工作期间的工资必须全额支付。公司不能将经济损失直接从工资中扣除。正确的做法是：为员工办理离职手续，结清全部工资。同时，另行向员工发出书面通知，要求其赔偿公司损失，并可协商从其未结算的奖金、报销款或经济补偿金（如有）中抵扣。若协商不成，公司应通过仲裁或诉讼途径向其追偿。4. **实操建议**：在劳动合同和规章制度中明确约定，劳动者未按规定提前通知解除合同，需赔偿相当于其一个月工资的损失（此约定可能被支持，但司法实践中会审查公司实际损失，若约定过高可能被调整）。同时，完善工作交接流程，将办理完交接作为支付最后薪资、出具离职证明的前提（此做法在实践中被广泛认可）。