不合法。支付工资和出具离职证明是公司的法定义务，与工作交接是两回事。根据《劳动合同法》第五十条，用人单位应当在解除或终止劳动合同时出具证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。可见，法律并未允许公司以未交接为由扣押工资或不出证明。如果公司扣押，您可以向劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁，要求支付被扣工资并赔偿因未及时出具离职证明导致您无法就业的损失。