公司的行为不合法。根据《劳动合同法》第九条，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件。这里的“其他证件”明确包括执业资格证书、学历证书等。

**维权步骤**：
1. **正式交涉**：首先向公司发出书面通知（保留证据），要求其在指定期限内返还证书，并说明其行为的违法性。
2. **行政投诉**：如果公司拒不返还，立即携带劳动合同、离职证明、证书被扣的证明（如邮件、聊天记录）等，向公司所在地的**劳动监察大队**进行投诉举报。劳动监察部门有权责令公司限期退还，并可处以罚款。
3. **诉讼途径**：如果因证书被扣导致您无法入职新单位或造成其他经济损失，您可以向人民法院提起诉讼，要求公司返还证书并赔偿损失。

**预防建议**：在职期间，尽量将证书原件保管在自己手中。如因年检等必须交由公司，应索要收据并明确归还时间。