公司的做法不完全合法，需区分加班类型：

根据《劳动法》第四十四条及《工资支付暂行规定》第十三条：
1. **工作日延长工作时间（平时加班）**：应支付不低于工资的150%的工资报酬。**此种加班，公司不能仅以调休代替，必须支付加班费。**
2. **休息日安排工作（周末加班）**：应首先安排补休（调休）。**如果不能安排补休**，才应支付不低于工资的200%的工资报酬。即，休息日加班，调休是优先选项，但若无法调休，必须付钱。
3. **法定休假日安排工作（如国庆、春节当天）**：应支付不低于工资的300%的工资报酬。**法定节假日的加班，无论如何都必须支付300%的加班工资，不得以调休代替。**

**维权要点**：
* **收集证据**：考勤记录、加班通知（微信/邮件）、工作成果记录、同事证言等，证明存在加班事实。
* **计算基数**：加班费计算基数为劳动合同约定的劳动者本人正常工作时间工资。如果合同约定不明，按实际工资的70%作为基数在实践中也常被采用。
* **仲裁时效**：加班工资争议的仲裁时效为一年，从您知道或应当知道权利被侵害之日起计算。