伤者不配合鉴定会影响索赔进程，尤其是涉及残疾赔偿金、精神损害抚慰金等项目的确定。处理方式如下：1. 协商沟通：首先与伤者及其家属沟通，解释伤残鉴定是确定赔偿数额的重要依据，拖延对其自身获得赔偿也不利。2. 诉讼解决：如果协商不成，作为赔偿义务方（如肇事司机或保险公司），可以在诉讼中向法院提出申请，要求法院委托具有资质的司法鉴定机构对伤者的伤残等级、误工期、护理期、营养期等进行鉴定。根据《民事诉讼法》及相关司法解释，对于需要鉴定的事项，负有举证责任的当事人无正当理由不提出鉴定申请或不预交鉴定费用或拒不提供相关材料，致使对案件争议的事实无法通过鉴定结论认定的，应当对该事实承担举证不能的法律后果。因此，如果伤者作为原告在诉讼中无正当理由拒绝配合法院安排的鉴定，法院可能对其主张的残疾赔偿等请求不予支持。建议在诉讼前或诉讼中，通过书面形式固定要求对方配合鉴定的沟通记录。