是的，合法的附属设施应当获得补偿。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的精神，补偿范围包括被征收房屋价值的补偿，以及因征收造成的附属物损失等。具体而言：1. 有产权证或合法审批手续的车库、储物间等，应作为独立建筑物或附属建筑物进行评估补偿。2. 院子内的空地：如果该空地属于您的合法土地使用权范围（在房产证或土地证上有记载），其价值通常会体现在房屋的整体区位和容积率评估中，从而影响房屋的评估总价。3. 花坛、围墙、水泥地坪、水井等无证附属设施：这些属于“地上附着物”。其补偿标准通常由市、县级政府在制定补偿方案时规定，或由评估机构根据重置成本结合成新率进行评估。关键在于证明这些附属设施的合法性和所有权。您应在评估勘验时主动向评估人员指出并登记，并保留好相关照片、视频作为证据。补偿方案中一般会有对附属物补偿的详细列表和标准。