商标使用许可合同应当办理备案。根据《商标法》第四十三条第三款规定：“许可他人使用其注册商标的，许可人应当将其商标使用许可报商标局备案，由商标局公告。商标使用许可未经备案不得对抗善意第三人。”备案并非许可合同生效的前提（合同自双方签署生效），但其法律意义重大：1. 对抗效力：未经备案，许可合同仅在许可双方之间有效。如果许可人（商标权人）将商标再许可给不知情的第三方（善意第三人），或将该商标转让给第三方，原被许可人可能难以仅凭未备案的合同对抗该第三方，从而影响其使用权利。2. 行政管理：备案是行政管理的要求，便于商标局掌握商标使用状况。3. 证据效力：备案通知书是许可关系存在的有力证据。办理备案需提交《商标使用许可合同备案申请书》、双方主体资格证明、许可合同副本等文件。不备案的主要风险在于法律保护的不完整性，尤其是在发生权利冲突时，被许可人的权益可能处于不稳定状态。因此，为确保被许可人的使用权益安全，强烈建议及时办理备案。