通常情况下不合法，劳动者主动辞职（提前30日书面通知或试用期提前3日通知）一般无需支付违约金。根据《劳动合同法》第二十二条、第二十三条、第二十五条的规定，用人单位只能在两种法定情形下与劳动者约定违约金：

1. **专项培训服务期**：用人单位为劳动者提供了专项培训费用，对其进行专业技术培训，并约定了服务期。劳动者违反服务期约定提前辞职的，应当按照约定向用人单位支付违约金，但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
2. **竞业限制**：对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或保密协议中约定竞业限制条款，并约定在解除或终止劳动合同后，在竞业限制期限内（不超过两年）按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。

除以上两种情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担的违约金。例如，常见的“未干满X年需支付违约金”、“提前离职需赔偿招聘费、培训费（非专项培训）”等约定，因违反法律强制性规定而无效。

建议：1. 审查劳动合同中关于违约金的条款属于上述哪种情形。2. 如果公司主张的违约金不符合法定情形，您可以明确拒绝支付。3. 如果公司因此克扣您的工资或不出具离职证明，您可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。