这取决于软件技术的核心创新点。两者保护客体和强度不同：

**软件著作权**：保护的是软件的**表达形式**（源代码、目标代码、文档等），不保护其内在的思想、算法、处理流程。登记获取速度快、成本低，是基础保护。任何独立创作的相同软件都可获得著作权，无法阻止他人用不同代码实现相同功能。

**发明专利**：保护的是软件的**技术方案和思想**，即解决特定技术问题所采用的方法、流程、算法。如果软件与硬件结合或能够解决技术问题（如工业控制方法、图像处理算法、数据加密方法），可申请发明专利。保护力度强（最长20年），能阻止他人实施相同技术方案，即使代码不同。但授权难、周期长（2-3年）、需公开技术方案。

**实务建议**：1. **组合申请**：通常建议“软著+专利”组合。对所有软件进行著作权登记，作为权属初步证明。2. **对核心技术申请专利**：对其中具有创新性、能带来显著技术效果的算法或方法流程，积极申请发明专利。在申请前务必做好保密工作。3. **评估创新点**：咨询专利代理师，判断技术方案是否属于专利法保护的“技术方案”，以及是否具备新颖性、创造性、实用性。4. **商业秘密保护**：对于不适合专利公开的核心算法或代码，可考虑作为商业秘密保护，但需建立严格的保密制度。