软件知识产权保护需多维度进行：1. **著作权登记**：核心保护方式。软件代码（源程序和目标程序）及其文档自创作完成即自动享有著作权，但建议向中国版权保护中心申请登记，取得《计算机软件著作权登记证书》，作为权属初步证据，便于维权和交易。2. **专利保护**：若软件包含具有技术效果、解决技术问题的发明（如算法与硬件结合的新型控制方法），可申请发明专利。单纯算法或商业方法通常不被授予专利权。3. **商业秘密保护**：对核心源代码、独特架构等采取保密措施（如保密协议、访问权限控制），作为商业秘密保护。4. **商标注册**：为软件名称、Logo申请注册商标，保护品牌价值。
实务中，著作权登记是基础且成本较低。企业应建立内部代码管理制度，与开发人员签订明确的权利归属及保密协议（依据《著作权法》第十八条及《计算机软件保护条例》）。