不能轻易拒绝支付全部货款，但可以依法行使相应的履行抗辩权。根据《民法典》第五百二十五条（同时履行抗辩权）及第五百二十六条（先履行抗辩权），在双方互负债务且无先后履行顺序时，或对方履行债务不符合约定时，有权拒绝其相应的履行要求。
具体分析：1. **部分履行**：供应商交付的设备存在配件缺失，属于履行债务不符合约定（不完全履行）。2. **抗辩范围**：我方有权拒绝支付与缺失配件价值相对应的那部分货款，而非全部货款。例如，设备总价10万，缺失配件价值1万，可暂扣1万或相应比例款项。3. **通知义务**：应及时将缺失情况书面通知供应商，要求其补足配件或协商折价，并保留证据。
若直接拒付全部货款，可能被认定为违约。建议立即发出书面通知，设定合理补正期限，若供应商拒不补救，可考虑解除合同（若缺失导致合同目的无法实现）或就缺失部分要求减价、赔偿损失。