不合理。竣工验收合格，在法律上意味着工程整体质量符合法定和约定标准，发包人已对工程质量予以正式确认。

根据《民法典》第七百九十九条：“建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款，并接收该建设工程。”

工程通过竣工验收后，承包人已履行了主要合同义务。此时存在的个别质量瑕疵（如墙面裂纹、局部渗水等非地基基础或主体结构问题），属于质量保修范畴，应通过质量保修程序解决。发包人不能以此为由拒绝办理整体的竣工结算和支付工程款。

正确的处理方式是：发包人应在办理结算的同时，就存在的质量瑕疵向承包人发出书面通知，要求其在保修期内予以修复。如果承包人拒绝修复，发包人可以自行或委托他人修复，费用从质量保修金中扣除或另行向承包人追偿，但这与支付工程尾款是两个独立的法律关系。

实务建议：发包人在组织竣工验收时，应细致检查，对发现的问题可在验收文件中作为“待整改项”列出，并明确整改期限和责任，但不宜因此拒绝出具整体合格的验收意见或拖延结算。承包人对于发包人提出的合理瑕疵，应及时修复，以促进结算顺利进行。