建设工程施工合同纠纷的诉讼时效期间为三年，这是《民法典》第一百八十八条规定的普通诉讼时效。

起算时间点（诉讼时效的起算日）是关键，通常从“权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日”起计算。在工程纠纷中，具体情形如下：

1. **工程款请求权**：对于有明确付款日期的，从约定的付款期限届满之次日起算。对于未约定或约定不明的，根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第六条，工程款诉讼时效从承包人提交竣工结算文件之日，或者从工程实际交付、发包人应当知道工程已完工之日开始起算。主张质保金的，从质保期届满之次日起算。

2. **工期延误索赔权**：发包人向承包人索赔工期延误损失的，应从工程实际竣工之日或合同约定的竣工之次日起算，因为此时才能确定实际延误天数及损失。

3. **质量缺陷索赔权**：一般从发现或应当发现质量缺陷之日开始起算。对于地基基础和主体结构，因其保修期为设计文件规定的合理使用年限，相关索赔权的时效起算较为特殊，可能从缺陷实际造成损害或影响安全时起算。

需要注意的是，诉讼时效可能因权利人向对方提出履行请求、提起诉讼或仲裁、义务人同意履行等行为而中断，并重新计算三年。承包人应密切关注时效，及时通过发函、对账、部分收款等方式中断时效，以保全债权。