通常不能，除非该管辖条款无效。根据《民事诉讼法》第三十五条，合同双方可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反级别管辖和专属管辖的规定。您们约定的“甲方所在地法院”属于与争议有实际联系的地点（甲方住所地），只要该约定明确、唯一，且不违反专属管辖（如不动产纠纷），即为有效。有效的协议管辖优先于法定管辖（如被告住所地或合同履行地）。因此，您作为乙方，需要到甲方所在地法院提起诉讼。为避免被动，在签约时应尽量争取约定在“原告所在地法院”或“合同履行地法院”，或至少选择对双方相对公平的仲裁。