合同保护措施：1.明确知识产权归属：约定软件著作权归开发商所有，客户仅获得使用权许可；2.限制使用范围：明确授权范围（如用户数、地域、期限）、禁止复制、修改、反向工程、再许可等；3.保密条款：将源代码列为保密信息，约定保密义务、违约责任及期限（即使合同终止仍有效）；4.技术保护措施：如提供目标代码而非源代码，或采用加密、许可管理技术；5.违约救济：约定高额违约金及停止侵害、赔偿损失等责任。法律依据：《民法典》合同编及《计算机软件保护条例》。建议对重要客户进行背景调查并分级管理权限。