不合理，但可以就质量瑕疵部分主张权利。根据《民法典》第七百九十九条和第八百零一条，建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。发包人如果已经接收并使用工程，一般视为认可工程质量基本合格。对于存在的质量瑕疵，发包人有权要求承包人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。但发包人不能因局部瑕疵而拒绝支付全部尾款，这属于不履行主要付款义务的违约行为。发包人应通过协商、委托鉴定等方式确定维修费用，并从尾款中扣除合理金额，或另行索赔。若协商不成，可诉讼或仲裁解决。