该规定是否有效，需从内容和程序两方面判断：

1. **程序合法**：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定，并进行公示或告知劳动者。未经民主程序和公示告知的程序，规章制度可能不被仲裁或法院采纳。
2. **内容合理合法**：“迟到三次”是否构成“严重违纪”，需要结合迟到时长、频率、造成的后果以及公司所处行业特点等进行合理性判断。如果规定过于严苛，显失公平，仲裁机构或法院可能不予支持。

即使规定有效，公司以此解除合同，仍需承担举证责任，证明员工确实存在“迟到三次”的事实，且该事实已达到“严重违反规章制度”的程度。否则，仍可能构成违法解除。劳动者如被辞退，可审查规章制度的制定程序和具体条款的合理性，申请仲裁维权。