发包方以此为由拒付全部尾款，可能构成不当抗辩。根据《民法典》第七百九十九条和第八百零一条，建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸和施工验收规范及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款。如果工程已整体竣工验收合格，仅存在细小瑕疵（非主体结构安全问题或影响基本使用功能），这属于质量保修范围的问题。承包方有权要求发包方在扣除修复该细小瑕疵的合理费用后，支付剩余工程款。发包方无权因非根本性的瑕疵而拒绝支付全部尾款。建议承包方：1. 发函要求其支付尾款，并承诺对保修期内的问题负责维修；2. 若发包方坚持，可申请工程造价和质量鉴定；3. 通过诉讼主张工程款，并可就其无理拒付行为主张逾期付款利息。