处理应合法、谨慎、证据充分：1. **证据固定**：收集并保全“飞单”证据，如邮件、微信记录、客户证言、资金往来凭证等。2. **制度依据**：核查公司规章制度是否明确将“飞单”定义为严重违纪行为，以及该制度是否经过民主程序制定并已公示告知员工。3. **调查谈话**：与涉事员工进行正式调查谈话，制作笔录并由其签字确认。4. **法律后果**：若证据确凿、制度有效，可依据《劳动合同法》第三十九条，以严重违反规章制度为由，单方解除劳动合同，且无需支付经济补偿。5. **追责**：评估是否造成经济损失，可要求员工赔偿（《工资支付暂行规定》第十六条）。若涉嫌职务侵占等犯罪，可报案。整个过程建议有法律顾问或人力资源专员在场。