不能一概而论，关键看合同约定。

1. **合同明确约定以审计结论作为结算依据**：如果施工合同中有诸如“最终结算价以政府审计机关（或财政部门）的审计结论为准”或类似明确条款，则该约定对双方具有法律约束力。根据《民法典》意思自治原则，审计结论将作为结算依据。但审计应在合理期限内完成，无正当理由长期不出具审计报告，承包人可起诉要求按送审价或申请司法鉴定结算。

2. **合同未作约定**：则政府审计结论不能当然作为结算依据。建设工程施工合同是平等民事主体之间的法律关系，而政府审计是行政机关对财政资金使用单位的监督行为，两者法律性质不同。根据《最高人民法院关于建设工程承包合同案件中双方当事人已确认的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何适用法律问题的电话答复意见》，审计结论与双方确认的结算不一致时，除非合同有约定，否则应以双方认可的结算作为处理纠纷的依据。承包人完成的工程价款是其合法财产权益，不能因行政审计被随意调整。

3. **审计期限过长问题**：即使合同约定以审计为准，若审计部门无正当理由拖延审计（实践中常见），严重损害承包人利益，法院可能支持承包人要求以送审价或通过司法鉴定确定造价的主张，以防止权利滥用。

建议承包人在签约时审慎对待此类条款，可争取加入“审计应在收到完整结算资料后XX日内完成，逾期视为认可送审价”的制约条款。