将产生一系列对发包人不利的法律后果。依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十四条，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，人民法院不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。主要后果：1. 视为工程已验收合格：发包人丧失以一般质量问题拒付工程款或主张违约责任的权利。2. 风险转移：工程毁损、灭失的风险自转移占有之日起由发包人承担（《民法典》第八百零一条）。3. 保修期起算：一般认为保修期从转移占有之日起算。4. 例外：承包人仍需对地基基础和主体结构在合理使用年限内的质量承担责任。此规定旨在防止发包人从擅自使用中获利并逃避付款义务。