发包人擅自使用未经竣工验收的工程，将产生一系列对其不利的法律后果，主要规定在《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十四条。
核心后果包括：
1. **视为验收合格**：建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，人民法院不予支持。这意味着发包人丧失了以一般质量问题拒付工程款或索赔的权利。
2. **保修期起算**：根据《建设工程质量管理条例》第四十条，建设工程的保修期，自竣工验收合格之日起计算。发包人擅自使用，可推定其认可工程质量，保修期可能从擅自使用之日起算。
3. **例外情况**：承包人仍然对建设工程的**地基基础工程和主体结构质量**在合理使用寿命内承担民事责任。即使发包人擅自使用，若出现地基或主体结构等重大质量问题，承包人仍需负责。
**对承包人的建议**：一旦发现发包人擅自使用，应立即发函（如工作联系单、律师函）提出异议，明确告知其法律后果，并固定其擅自使用的证据（如照片、视频、入住/生产记录），为后续结算和可能的质量争议做准备。