原则上以中标备案的“白合同”作为结算依据。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二条，招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。此即“黑白合同”规则，旨在维护招投标市场的公平秩序。但若招标投标活动本身无效，或工程不属于强制招标范围，且当事人已按“黑合同”实际履行，则可能以实际履行的合同作为结算依据。当事人应避免签订“黑白合同”，规范招投标及合同备案流程。