诉讼时效为三年，适用《民法典》第一百八十八条关于普通诉讼时效的规定。起算时间点通常为“权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日”。在工程款纠纷中，具体起算点存在争议，常见观点包括：
1. 合同约定的付款期限届满之日。
2. 工程竣工验收合格之日（针对结算尾款）。
3. 承包人提交竣工结算文件之日（若合同约定逾期不答复视为认可，则可从答复期满次日起算）。
4. 双方就结算达成一致或最终审计报告出具之日。
对于质量索赔等纠纷，时效从发现或应当发现质量缺陷之日开始计算。由于起算点复杂，权利人应注意通过发送催款函、对账签认、提起诉讼或仲裁等方式中断诉讼时效，以保护自身权利。