应当以招标文件、投标文件、中标通知书为准。根据《招标投标法》第四十六条及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十二条规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。合同实质性内容主要包括工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等。如果签订的书面合同与中标合同在实质性内容上不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。该规定旨在维护招标投标活动的严肃性和公平性，防止“阴阳合同”。因此，结算和争议处理应以备案的中标合同（或体现招投标合意的文件）为依据。非实质性内容的变更（如细节表述、非核心条款）不受此限。