建设工程施工合同无效，合同中关于质量保证金的条款原则上也无效，因为其属于合同的组成部分。但是，这并不意味着发包人丧失了要求承包人对工程质量承担责任的權利。根据《民法典》第七百九十三条（原《合同法》相关精神）及建设工程司法解释，合同无效但工程验收合格的，可以参照合同约定折价补偿。在折价补偿时，如果工程存在质量缺陷，发包人有权从应支付的工程款中扣除相应的修复费用。因此，虽然不能直接依据无效的“质保金条款”扣留特定比例的款项，但发包人仍可在承包人应得的折价补偿款中，预留相当于质量保证金功能的款项，以担保未来可能出现的质量缺陷修复。或者，在工程款纠纷诉讼中，发包人可以就质量缺陷问题提出反诉或抗辩，要求减少支付价款。