法院处理无效合同中管理费的原则是：不予支持，已收取的应予返还，但可能考虑实际参与管理的因素。根据《民法典》第一百五十七条关于合同无效后财产返还和折价补偿的规定，转包、违法分包中的“管理费”作为非法所得，法律原则上不予保护。最高人民法院在相关司法政策中倾向于，对于没有实际参与施工、管理、只出借资质的单位请求支付管理费的，不予支持；对于实际参与了组织管理、协调的，可酌情支持部分劳务成本等实际支出。具体由法院根据案件情况自由裁量。总包单位或转包人已收取的管理费，可能被收缴或判决返还给实际施工人。这体现了法律对建筑市场违法行为的否定评价。