可以，但需根据具体情况区分抗辩与反诉。1. 抗辩（抵销）：如果工程质量问题属于承包人未履行或未完全履行合同义务，且该义务与支付工程款义务具有对价关系（如修复义务），发包人可在应付工程款范围内主张抵销。例如，局部质量瑕疵的修复费用。2. 反诉：如果工程质量问题严重，如主体结构不合格或需整体返修，造成的损失可能超过工程款本身，发包人应提起反诉，要求承包人承担修复费用、赔偿损失等。发包人需就质量问题的存在、因果关系及损失金额承担举证责任。