不合法。根据《民法典》第七百九十九条，建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。同时，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十四条规定，建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，人民法院不予支持；但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。

竣工验收合格在法律上意味着工程整体质量符合合同约定和法定标准。发包人以此拒付尾款，构成违约。承包人应对措施：1. **固定证据**：保管好《竣工验收报告》、《工程移交证书》等证明验收合格的文件。2. **区分责任**：如果确实存在非主体结构的质量瑕疵（如墙面裂纹、局部渗漏），这属于质量保修范围，而非拒付全部尾款的合法理由。承包人应依据合同约定或《建设工程质量管理条例》第四十条规定的保修期限履行保修义务，但发包人不得以此为由拒绝支付结算尾款。3. **法律途径**：向发包人发出律师函催告，明确其违约行为及法律后果。若协商不成，可提起诉讼或仲裁，要求支付尾款及逾期利息。