不合法。根据《民法典》第七百九十九条，建设工程竣工经验收合格后，方可交付使用；未经验收或者验收不合格的，不得交付使用。竣工验收合格是工程符合质量要求的初步证明。发包人以此拒付尾款缺乏法律依据。承包人应对措施：1.依据合同约定，向发包人发送付款催告函。2.若发包人坚持，可提起工程款诉讼或仲裁。3.针对发包人提出的质量异议，可区分情况：如属工程保修范围内的质量缺陷，发包人应依据保修条款处理，无权拒付尾款；如主张工程存在结构性等重大质量问题，发包人需承担举证责任，可能需申请司法鉴定。但即便鉴定存在质量问题，发包人也通常只能主张减少价款、修复费用赔偿等，而非直接拒付全部尾款。建议承包人在工程移交时完善验收文件，保留合格证据。